Το δικαστήριο έκρινε ότι ότι οι ελληνικές αρχές δεν είχαν πραγματοποιήσει «επαρκή και αποτελεσματική έρευνα» για την διερεύνηση των αιτίων θανάτου του Τσαλικίδη και διαπίστωσε ότι, οι αρχές βιάσθηκαν να κλείσουν την συμπληρωματική έρευνα, αναφέροντας απλώς τα σχετικά βήματα που είχαν κάνει και παραπέμποντας σε νέες εκθέσεις, χωρίς να υπεισέλθουν σε σημαντικές λεπτομέρειες.
Ο Τσαλικίδης βρέθηκε κρεμασμένος στο σπίτι του, στις 9 Μαρτίου του 2005 και ο θάνατος του αποδόθηκε από τις ελληνικές αρχές (βιαστικά, όπως φαίνεται) σε αυτοκτονία. Ωστόσο, σχετικές εκθέσεις εμπειρογνωμόνων έδειξαν ότι αφενός ο δεν υπήρχε αυτοκτονικό κίνητρο, αφετέρου στο σώμα του δεν υπήρχαν τα συνήθη τραύματα που παρατηρούνται σε περιπτώσεις απαγχωνισμού (π.χ. σημάδια από το σκοινί στο λαιμό του θύματος). Το ΕΔΑΔ εντόπισε ασυνέπειες μεταξύ των ερευνεών για τα αίτια θανάτου του, που πραγματοποιήθηκαν το 2005 (η πρώτη) και το 2012-2014 δεύτερη, ενώ κατακρίνει την Ελλάδα για το γεγονός ότι δεν παρενέβη εισαγγελές και νέα διερεύνηση της υπόθεσης.
Όπως αναφέρεται στην απόφαση:
«Δεν διερευνήθηκαν και άλλες ανακρίβειες, όπως η χτυπητή αντίθεση στα συμπεράσματα ανάμεσα στην ιατροδικαστική έκθεση στην προκαταρκτική και τη συμπληρωματική έρευνα, η έλλειψη κίνητρου για αυτοκτονία και το σπασμένο οζώδες οστό, εύρημα που παραπέμπει σε στραγγαλισμό. Δεν είναι ξεκάθαρο με βάση ποια λογική ο Εισαγγελέας δεν άσκησε δίωξη ούτε ζήτησε περεταίρω έρευνα καθώς και την απόφασή του να κλείσει την έρευνα.
Για να καταλήξει σε αυτό το συμπέρασμα, το δικαστήριο έλαβε κυρίως υπόψη ότι ο εισαγγελέας, κατά την αρχική έρευνα, είχε αναφέρει ότι ο θάνατος είχε συνδεθεί αιτιωδώς με την υπόθεση των υποκλοπών. Για το λόγο αυτό ήταν πολύ σημαντικό να ληφθούν όλα τα απαραίτητα μέτρα για να διερευνηθεί ο θάνατος του Κώστα Τσαλικίδη»
«Αυτοκτονία» μία μέρα πριν το σκάνδαλο
Ο Κώστας Τσαλικίδης εργαζόταν στη Vodafone επί 11 χρόνια και από το 2001 είχε προαχθεί σε υπεύθυνο δικτύου. Η «αυτοκτονία» του έχει συνδεθεί με το σκάνδαλο των υποκλοπών που απασχόλησε, λίγους μήνες μετά, την κοινή γνώμη, σύνδεση που έγινε ακόμα πιο έντονη, όταν αποκαλύφθηκε ότι μόλις μία μέρα μετά τον θάνατο του Τσαλικίδη, ο τότε πρωθυπουργός, Κώστας Καραμανλής, ενημερώθηκε για πρώτη φορά για παρακολουθήσεις του ίδιου, στελεχών της κυβέρνησης του, πολιτικών δημοσιογράφων κι επειχειρηματιών, με όχημα ένα παράνομο λογισμικό στο σύστημα της Vodafone. Όπως αναφέρεται και στην απόφαση του ΕΔΑΔ, « προκαταρκτική εξέταση αποκάλυψε το 2006 ότι ο μηχανισμός των υποκλοπών είχε εμφυτευτεί σε λογισμικό που είχε προμηθευτεί ο τηλεφωνικός πάροχος για τον οποίον εργαζόταν ο Τσαλικίδης από άλλη εταιρεία τηλεπικοινωνιών. Ο Τσαλικίδης ήταν υπεύθυνος για την αποδοχή του λογισμικού και συναντιόταν τακτικά με τους εκπροσώπους της άλλης εταιρείας.»
To παράνομο λογισμικό είχε αφαιρεθεί από τα συστήματα της Vodafone μία ημέρα πριν το θάνατο του Τσαλικίδη, στις 8 Μαρτίου του 2005, ενώ συν τοις άλλοις, ο Τσαλικίδης την ίδια μέρα είχε ενημερωθεί για την υπόθεση των υποκλοπών, σε μια συνεδρίαση στελεχών της Vodafone που δεν κρατήθηκαν πρακτικά.
Μάλιστα, όπως ανέφεραν εφημερίδες εκείνη την περίοδο, περίπου έναν μήνα πριν από τον θάνατό του, είχε αναφέρει στη σύντροφο του ότι πρέπει να φύγει από τη Vodafone γιατί «είναι ζήτημα ζωής και θανάτου». Λίγες εβδομάδες πριν από την 9η Μαρτίου τής είχε αναφέρει ότι «υπήρχε κίνδυνος να κλείσει η Vodafone»
Τον Φεβρουάριο του 2006 τρεις υπουργοί της κυβέρνησης Θ. Ρουσόπουλος, Γ. Βουλγαράκης και Αν. Παπαληγούρας σε συνέντευξη Τύπου ενημερώνουν την κοινή γνώμη για ένα «σοβαρό ζήτημα εθνικής ασφάλειας», την υπόθεση των υποκλοπών. Αποκαλύφθηκε πως μέσω ειδικού λογισμικού που είχε εγκατασταθεί στην εταιρία, παρακολουθούνταν την περίοδο 2004-05 περίπου 100 τηλέφωνα με τη χρήση 14-16 καρτοκινητών "τηλεφώνων-σκιών", τα οποία κατέγραφαν τις συνομιλίες γύρω από την αμερικανική πρεσβεία.
Η υπόθεση όμως πέρασε στο αρχείο το 2008. Ανασύρθηκε δύο χρόνια μετά, με την εμφάνιση νέων στοιχείων σχετικά με την εμπλοκή της Αμερικανικής Υπηρεσίας Ασφαλείας (NSA) και έκτοτε η υπόθεση παραμένει ανοιχτή, ενώ επίσης συνδέεται με την ανησυχία των ΗΠΑ για τις θερμές σχέσεις της κυβέρνησης Καραμανλή με τη Ρωσία.
Σύμφωνα με πρόσφατο βούλευμα του Συμβουλίου Πλημμελιοδικών παραπέμπεται σε δίκη για κατασκοπία και παραβίαση μυστικών της Πολιτείας ένας Ελληνοαμερικανός πράκτορα της CIA, ο William Basil για το αδίκημα της απόπειρας κατασκοπείας, που τιμωρείται σε βαθμό κακουργήματος. Με το ίδιο βούλευμα αλλά για άλλο σκέλος της υπόθεσης, παραπέμπεται και ο πρώην βουλευτής του ΠΑΣΟΚ, Μιχ. Καρχιμάκης, κατηγορούμενος για ηθική αυτουργία στο αδίκημα της παραβίασης μυστικών της πολιτείας κατ' εξακολούθηση, πράξη για την οποία κατηγορούνται δύο υπάλληλοι της ΕΥΠ.
